Cerita diawali dengan narasi tentang keadaan saat itu. Saat itu sedang terjadi peperangan besar antar desa ninja yang disebut "the third secret ninja war" atau perang besar rahasia ninja ke-3. Dalam perang ini kakashi kecil, Obito Uchiha, Rin, dan hokage ke-4/Namikaze Minato (yang saat itu belum menjadi hokage) melaksanakan misi ke desa lain untuk melakukan sabotase di sana. Mereka berempat lalu melakukan perjalanan yang panjang dan berbahaya. Kakashi walaupun baru berumur 13 tahun tapi sudah menjadi Jounin. Dia adalah orang yang sangat disiplin dan textbook. Sedangkan Obito adalah klan uchiha yang sepertinya kurang berbakat ( bila dibanding Itachi atau Sasuke) yang bahkan belum mendapatkan sharingan. Dia sangat bersemangat dan berisik, mirip seperti naruto. Hanya saja dia sudah menguasai beberapa jutsu api yang diwarisi dari klan uchiha. Sedangkan Rin adalah ninja medis yang hanya melerai jika Kakashi dan Obito mulai ribut. Dan Hokage ke-4 adalah ketua tim itu yang sangat bijaksana dan supel.
Mereka lalu berkumpul untuk briefieng sebelum misi. Yondaime dan Rin memberi hadiah kepada Kakashi atas keberhasilan Kakashi menjadi jounin. Obito adalah satu-satunya yang tidak membawa, memberitahu Kakashi bahwa dia suatu saat akan mengalahkannya, setelah membangkitkan sharingan. Obito dan Kakashi mulai adu mulut, Rin dan Yondaime pun segera menghentikan mereka. Karena sudah dekat dengan perbatasan, Yondaime segera menjelaskan misi. Misi mereka adalah untuk menghancurkan jembatan Kannabi yang menjadi jalur suplai ninja Iwagakure. Setelah briefing mereka melanjutkan perjalanan dan ditengah perjalanan mereka diserang seorang ninja yang menyerang menggunakan kagebunshin dalam jumlah besar. Kakashi lalu mengeluarkan chidori dan menghabisi semua kagebunshin yang ada. Ketika sang shinobi akan melarikan diri, dengan sigap hokage ke-4 mengejarnya dengan kecepatan luar biasa ( julukannya adalah Si Kilat Kuning Konoha (Konoha no Kiiroi Senkou) ). Obito dan Rin hanya bisa menonton Kakashi mengamuk menggunakan chidori. Setelah itu Kakashi dan timnya beristirahat untuk menyembuhkan luka dari pemakaian chidori berlebihan. Obito lalu curhat tentang kekakuan kakashi kepada hokage ke-4. Hokage lalu menceritakan kalau dulu ayah kakashi adalah ninja legendaris dengan julukan Taring Putih Konoha (Konoha no Shiroi Kiba). Ketika itu ayahnya lebih mementingkan temannya daripada keberhasilan misi, yang mengakibatkan kerugian besar di pihak konoha. Lalu karena tidak bisa menahan malu, ayah Kakashi bunuh diri. Sejak itu kakashi menjadi pendiam dan kaku, tidak seperti sekarang.
Tiba-tiba ada panggilan dari pasukan garis depan Konoha untuk membantu pertempuran di garis depan karena sedang digempur habis oleh musuh. Yondaime Hokage lalu menyerahkan misi kepada kakashi. Merekapun meneruskan perjalanan bertiga saja. Ditengah jalan, mereka disergap oleh musuh, dan rin tertangkap. Obito akan pergi menolong Rin, tetapi Kakashi melarang. Kakashi mengatakan bahwa misi lebih penting daripada teman. Obito yang marah meninju Kakashi, mengatakan bahwa ia tetap akan menolong Rin. Obito pun mengatakan bahwa ninja yang melanggar hukum dan aturan adalah sampah, tetapi ninja yang tidak menghargai temannya lebih rendah dari sampah. Mendengar itu, Kakashi terkejut tetapi tetap bersikeras melanjutkan misi. Obito dan Kakashi pergi ke arah yang berbeda.
Obito menemukan lokasi persembunyian musuh, tetapi ketahuan. Musuh tersebut hampir membunuh Obito, tetapi Kakashi yang berubah pikiran datang tepat pada waktunya. Musuhnya segera menggunakan jurus Meisagakure no Jutsu. Karena melindungi Obito, Kakashi kehilangan mata kirinya oleh sabetan kunai musuh. Obito yang ketakutan lalu menolongnya, dan sharingan miliknya langsung bangkit. Mereka pun bertemu dengan Rin dan Kakashi melepaskannya dari genjutsu. Tetapi semua sudah terlambat, mereka masuk perangkap di gua. Ketika langit-langit runtuh, obito menyelamatkan kakashi yang terjatuh dari reruntuhan. Setengah badannya hancur. Dia lalu meminta Rin mencangkokkan mata kirinya sebagai hadiah untuk Kakashi karena sudah menjadi jounin. Kakashi lalu menerima sharingan itu dengan berat hati. Beberapa saat kemudian, Kakashi memiliki sharingan pada mata kirinya, melawan orang yang telah meruntuhkan gua. Lawan tersebut pun kalah, Kakashi segera kembali pada Obito untuk membantu apa yang bisa ia lakukan untuknya. Obito pun meminta Kakashi untuk segera membawa Rin pergi, karena bantuan musuh sudah datang. Hal yang dikatakan Obito benar, sejumlah besar musuh menyiapkan jutsu di belakang Kakashi. Jutsu tersebut membuat gempa yang mengakibatkan batu-batu di sekeliling Obito pun runtuh. Obito menyuruh Rin dan Kakashi segera pergi dari sana. Pada detik-detik sebelum kematiannya, Obito berpikir tentang kerjasama yang ia akhirnya dapatkan dengan Kakashi dan dia tidak bisa menyampaikan rasa sukanya pada Rin. Dia pun akhirnya hancur karena seluruh badannya tertimpa batu yang longsor. Kakashi segera membawa Rin ke tempat aman, memberitahu seberapa pentingnya Rin pada Obito. Kakashi pun menyiapkan jurus chidori. Tetapi Kakashi pun pingsan karena kehabisan cakra, setelah melempar kunai pemberian Yondaime. Ketika bangun,Yondaime Hokage sudah berada di sampingnya, mengatakan bahwa kunai pemberiannya memiliki mantra yang memberi sinyal pada Yondaime jika dilempar. Yondaime juga memberitahu Kakashi bahwa Rin telah mengatakan semua yang terjadi dan minta maaf karena tidak datang tepat waktu. Kakashi lalu melawan sisa musuh dan dengan bantuan Yondaime Hokage yang sudah selesai membantu garis depan, mereka menyelesaikan misi menghancurkan jalur suplai di garis belang musuh. Setelah berapa lama pasukan musuh mundur karena kekurangan suplai dan perang besar inipun berakhir dengan kesepakatan damai kedua desa.
